HLA-B27
افراد مبتلا به بیماریهای خودایمنی مانند اسپوندیلیت آنکیلوزان (AS)، آرتریت روماتوئید نوجوانان (JRA) و آرتریت واکنشی ( از زیرمجموعههای آن سندرم رایتر است) و یوئیت (التهاب بافت یوه چشم) HLA-B27 افزایش مییابد. HLA-B27 همچنین با بیماری التهابی روده و طیف وسیعی از شرایط مزمن دیگر مرتبط است.
HLA-B5/51
بیماری بهجت BD (Behçet's disease) یک واسکولیت مزمن شریانها و سیاهرگها با اندازههای مختلف است که با زخمهای عودکننده دهان، زخمهای تناسلی، درگیری چشم و پوست و سایر ویژگیهای چند سیستمی مشخص میشود.
عوامل ژنتیکی نقش اساسی در تعیین حساسیت BD دارند. طی مطالعات صورت گرفته مشخص شده است که BD موجب مثبت شدن نتایج آنتی ژن HLA-B5/B51 می شود.
HLA-B 8
بیماری میاسنتی گریوز (MS) و هپاتیت اتو ایمیون موجب مثبت شدن نتایج آنتی ژن HLA-B8 می شوند.
HLA-B 7
بیماری های مالتیپل اسکلروزیس و هماکروماتوز موجب مثبت شدن نتایج آنتی ژن HLA-B7 مثبت می شوند.
HLA-DR 4
علت دقیق بیماری آرتریت روماتوئید (RA) در حال حاضر ناشناخته است اما هنگامی که HLA-DR4 در خون وجود داشته باشد احتمال ابتلا به RA افزایش می یابد.
HLA-DR 5
DR5 با سارکوم کاپوسی در ایدز، کم خونی پرنیشیوز و تیروئید هاشیموتو در ارتباط است.